集美大学院系设置如下：
| 部门 | 网站 |
| 航海学院 | http://nav.jmu.edu.cn |
| 轮机工程学院 | http://mei.jmu.edu.cn |
| 水产学院 | http://fishery.jmu.edu.cn |
| 食品与生物工程学院 | http://bec.jmu.edu.cn |
| 体育学院 | http://phys.jmu.edu.cn |
| 财经学院 | http://cjc.jmu.edu.cn |
| 教师教育学院 | http://teacher.jmu.edu.cn |
| 工商管理学院 | http://ms.jmu.edu.cn |
| 音乐学院 | http://com.jmu.edu.cn |
| 美术学院 | http://arts.jmu.edu.cn |
| 信息工程学院 | http://ie.jmu.edu.cn |
| 计算机工程学院 | http://cec.jmu.edu.cn |
| 机械与能源工程学院 | http://me.jmu.edu.cn |
| 理学院 | http://sci.jmu.edu.cn |
| 外国语学院 | http://sfl.jmu.edu.cn |
| 法学院 | http://soc.jmu.edu.cn |
| 文学院 | http://chin.jmu.edu.cn |
| 工程技术学院 | http://engtech.jmu.edu.cn |
| 马克思主义学院 | http://szb.jmu.edu.cn |
| 继续教育学院（船员培训中心） | http://ae.jmu.edu.cn |
| 海外教育学院 | http://oec.jmu.edu.cn |
| 诚毅学院 | http://chengyi.jmu.edu.cn |
