浙江海洋大学院系设置如表所示：
| 党政管理机构 | |
| 名称 | 电话 |
| 党委办公室、校长办公室合署 | 2550008 |
| 纪委办公室、监察室合署 | 2550014 |
| 组织部、统战部合署 | 2550016 |
| 宣传部、新闻中心 | 8180226 |
| 学生工作部、学生处、招生就业指导处合署 | 8180662 |
| 研究生院、学科建设处合署 | 8180690 |
| 发展规划处、海洋高等教育研究所合署 | 2559382 |
| 地方合作处 | 8180633 |
| 国际交流合作处、港澳台办公室合署 | 8180386 |
| 教务处 | 2550024 |
| 人事处 | 2550017 |
| 科研处 | 8180355 |
| 计划财务处、国有资产管理办公室合署 | 8180376 |
| 审计处 | 8180601 |
| 实验室建设与设备管理处 | 2550079 |
| 离退休工作处 | 8180351 |
| 保卫部、保卫处、人民武装部合署 | 8180260 |
| 基建与后勤管理处 | 2550063 |
| 继续教育处 | 2550021 |
| 机关党委 | |
| 校友办公室 | 8181600 |
| 教辅机构 | |
| 名称 | 电话 |
| 图书馆 | 2262091 |
| 教学质量监控中心 | 8180680 |
| 信息化建设与管理中心 | 8180256 |
| 学报编辑部 | 2550077 |
| 公共事务服务中心（与基建与后勤管理处合署） | |
| 采购与招标中心（招投标信息公示平台） | |
| 群团组织 | |
| 名称 | 电话 |
| 工会，女职工委员会 | 2550019 |
| 团委 | 8180676 |
| 附属单位 | |
| 名称 | 电话 |
| 资产经营公司 | 2660218 |
