新疆农业大学研究生院共设4个科室：招生办公室、培养办公室、学位办公室、综合科，各科室岗位职责如下：
研究生招生办公室岗位职责(0991-8762140)1.负责起草研究生招生方面的管理工作文件和规定并组织实施;2.负责研究生招生计划方案的拟定与研究生导师招生资格的审核;3.负责研究生招生录取，以及硕博连读和推免生选拔;4.负责招生宣传、服务和咨询工作;5.负责研究生处信息化建设与管理;6.及时完成上级交办的其它工作。
研究生培养办公室岗位职责(0991-8762575)1.负责起草研究生教学培养方面的管理工作文件和规定，并组织实施;2.负责研究生培养方案审定与教学管理;3.负责研究生论文开题、中期考核及毕业资格审核;4.负责研究生课程建设和教学质量评估;5.负责研究生培养经费管理及教师工作量的核定;6.负责研究生访学和实践教育基地的建设管理;7.及时完成上级交办的其它工作。
学位办公室岗位职责(0991-8762488)1.负责起草学位点建设、学位授予等方面的管理工作文件和规定，并组织实施;2.负责学位点申报、建设与评估;3.负责学位论文答辩与学位授予;4.负责研究生指导教师遴选与管理;5.负责研究生科研创新能力提升项目管理;6.负责校学位评定委员会日常工作;7.及时完成上级交办的其它工作。
综合科(0991-8762574)1.负责起草研究生思想政治教育、就业等方面的管理工作文件和规定，并组织实施;2.负责研究生思想政治教育工作;4.负责研究生就业指导与管理工作;5.负责研究生会管理与指导;6.负责研究生三助一辅、评先奖优工作;7.负责研究生学籍与档案管理;8.负责研究生处内日常事务;9.及时完成上级交办的其他工作。
