新疆医科大学研究生教育始于1978年，是全国首批硕士学位授权单位。1986年获批博士学位授权单位，内科学(心血管)成为自治区首个博士学位授权点。1996年获批同等学力人员申请硕士学位授权单位，1998年获批首批临床医学硕士专业学位试点单位，2005年获批临床医学博士专业学位授权单位，2015年获批中医博士专业学位授权点。
新疆医科大学研究生处成立于1998年，2004年挂牌研究生学院。现有5个一级学科博士学位授权点(临床医学、药学、基础医学、公共卫生与预防医学、中西医结合)、2个博士专业学位授权点(临床医学、中医)、13个一级学科硕士点、8个硕士专业学位授权点;4个一级学科入选自治区“十四五”重点学科建设序列，其中临床医学入选优势学科振兴工程建设学科(即自治区一流学科)序列;药学、公共卫生与预防医学、中医学3个学科入选特色学科创新工程建设学科序列;临床医学、药理学与毒理学学科进入ESI(基本科学指标数据库)全球排名前1%，千分位最新排位分别为2.56‰、9.41‰。学位授权点覆盖医学、理学、工学、管理学、法学5个学科门类，逐步形成了学科门类齐全、结构布局合理的学位与研究生教育体系。
学校现有全日制在校研究生5386人(博士生542人，硕士生4844人);非全日制研究生1886人(博士生995人，硕士生891人)。学校拥有一支高水平的导师队伍，在岗博士生导师300余人、硕士生导师1200余人。其中，全国高校黄大年式教学团队2个，国家级教学名师、全国模范教师、全国中医药高等学校教学名师、国医大师各1人，全国名中医4人;入选“国家级百千万人才工程”6人，享受国务院政府特殊津贴专家64人;自治区级教学名师17人、教学能手12人;2人获评“全国优秀共产党员”，4人获得“全国劳动模范”荣誉称号，9人获评“全国五一劳动奖章”。
学校通过修订培养方案，改革课程设置，深化医教协同、实施研究生校院两级管理体制、启动博士申请考核制，积极开展公共卫生“四证合一”试点等一系列卓有成效的研究生教育综合改革，切实提升了学校研究生教育及服务整体水平，为我校研究生教育发展搭建了更加坚实的平台。目前在校研究生主持国家级科研项目5项，主持自治区级科研项目101项;以第一作者身份在SCI一区发表科研论文34篇、二区发表科研论文52篇，最高影响因子46.297;参加各类竞赛获得自治区级及以上奖项39项。近三年我校毕业研究生就业率一直保持90%以上，其中留疆就业的学生一直保持55%以上。我校培养的研究生在各自的工作岗位上努力创新、开拓进取，为新疆乃至全国的医疗卫生事业的发展作出了积极贡献，已成为改革开放以来少数民族地区研究生教育跨越发展的一个缩影。
过往序章，未来可期。站在“健康中国”建设和加快医学教育创新发展的历史起点上，我校学位与研究生教育将始终秉承“好学、力行、笃医、创新”的校训，以育人为根本，以质量为核心，以创新为灵魂，以需求为导向，进一步扩大招生规模，优化招生结构，加大学科学位点建设的顶层设计，深入推进研究生教育综合改革，着力增强我校学位与研究生教育整体实力和核心竞争力，为学校高质量发展贡献力量。
